O Programa de Pós-graduação em Agricultura Tropical e Subtropical em nível de Mestrado (desde 1999) e de Doutorado (desde 2009) do IAC tem como área de concentração aPRODUÇÃO AGRÍCOLA SUSTENTÁVELe destina-se à capacitação, à atualização e ao aprimoramento em aspectos científicos, tecnológicos e de inovação da área agronômica, destacando-se pela informação voltada para a pesquisa aplicada, com foco na sustentabilidade agrícola e ambiental.

Os alunos da Pós-graduação em Agricultura Tropical e Subtropical atuam diretamente nos projetos de pesquisa desenvolvidos na instituição. O Programa tem como objetivo a formação de pesquisadores docentes e profissionais especializados para atuação na área agrícola e possui duas linhas de pesquisa:SISTEMAS DE MANEJO E QUALIDADE AMBIENTAL (SMQA) e BIOTECNOLOGIA, GENÉTICA E MELHORAMENTO DE PLANTAS (BGMP).

Podem ser candidatos ao curso engenheiros agrônomos, engenheiros agrícolas, biólogos e outros profissionais portadores de diplomas universitários que desenvolvam atividades relacionadas com as ciências agronômicas e ambientais.

O curso de mestrado tem duração de dois anos, com processo seletivo anual entre os meses de outubro e novembro e início do ano letivo em março. O curso de Doutorado possui processo seletivo continuado, e possui duração de quatro anos.